Provenientes del Perú, en 1553 se instalan en territorio chileno los cinco primeros religiosos franciscanos. Ellos eran los hermanos Martín de Robleda, superior, Juan de Torralba, Cristóbal de Rabaneda, Juan de la Torre y el hermano lego Francisco de Frejenal. Inmediatamente comienzan la evangelización de los naturales, la atención espiritual de los españoles y la organización de la Orden. La primera fundación corresponde al convento de Santa Lucía, el 3 de octubre de 1553, en Santiago. La segunda fundación ocurre en noviembre de ese mismo año, en Concepción. El 7 de octubre de 1554, los franciscanos pasan a ocupar la Ermita de Nuestra Señora del Socorro, actualmente el convento de San Francisco de la Alameda. A medida que la Conquista avanza, nuevas fundaciones se suman: Valdivia, La Serena, Angol, Imperial, Villarrica y Castro.

El Capítulo General de la Orden celebrado en Valladolid en 1565, con aprobación de Pío V, declaró a la Custodia de Chile independiente de la Provincia del Perú, elevándola a la categoría de Provincia con el título de la Santísima Trinidad, que conserva hasta nuestros días.

La principal fundación que los franciscanos hicieron  en Chile en el siglo XVII fue la creación del convento – Colegio de San Diego en Santiago, situado en el mismo lugar en que hoy se encuentra el Instituto Nacional y la Universidad de Chile.

La vida de la Provincia en este siglo se transforma de misionera a conventual, respondiendo a varias causas, siendo una de las principales la interminable guerra de Arauco.

La presencia franciscana en nuestro país, ha sido un constante aporte de hermanos que han sobresalido en las artes, la educación y principalmente en la construcción de la Iglesia chilena: fray Fernando de Barrionuevo, segundo obispo de Santiago; fray Diego de Medellín, que fundó el seminario de Santiago; fray Antonio de San Miguel, primer obispo de la diócesis de la Imperial; fray Bernardino Berríos, obispo de San Felipe; fray Luis Yañez, obispo de Los Ángeles; actualmente fray Jorge Concha, obispo auxiliar de Santiago.

Merece nombrarse la figura destacada de hermanos tenidos por santos por el pueblo fiel: Venerable  Siervo de Dios, fray Pedro de Bardeci y Aguinaco; Venerable Siervo de Dios, fray Andrés Filomeno García Acosta.

Son ya 463 años de servicio fraterno, respondiendo desde el carisma franciscano, a las necesidades más urgentes de nuestra sociedad chilena. Desde la Paz y el Bien, han hecho presente en medio nuestro, el Reino de Dios, que es Misericordia.